Το κλάδεμα της βανίλιας γίνεται το φθινόπωρο, όταν όλα τα φύλλα έχουν πέσει και πριν ξεκινήσουν οι χειμερινοί παγετοί. Τα πρώτα χρόνια της ζωής των δέντρων το κλάδεμα έχει ως στόχο το σχηματισμό μιας βάσης, πάνω στην οποία θα στηριχθεί ολόκληρη η μελλοντική βλάστηση και παραγωγή. Τα πιο διαδεδομένα σχήματα που εφαρμόζονται είναι το σχήμα κυπέλλου, η κυπελλοπυραμίδα ή το ελεύθερο σφαιρικό. Μόλις τα δέντρα αρχίσουν να καρποφορούν, το κλάδεμα διαμόρφωσης σχήματος σταματά και αντικαθισταται από το κλάδεμα καρποφορίας. Αυτό περιλαμβάνει την αφαίρεση όλων των πυκνών, ξερών, προσβεβλημένων και αδύναμων βλαστών. Στις μεγαλόκαρπες ποικιλίες κάνουμε αυστηρό κλάδεμα ενώ στις μικρόκαρπες ήπιο. Όταν το φορτίο των δέντρων με φρούτα είναι πολύ μεγάλο, αραιώνουμε τους καρπούς με το χέρι, αφήνοντας έναν καρπό ανά 7-10 εκ. βλαστού. Η αφαίρεση του υπερβολικού φορτίου πρέπει να γίνεται νωρίς, όταν τα φρούτα είναι ακόμη μικρά και ανώριμα. Μερικοί επαγγελματίες παραγωγοί κάνουν και αραίωμα με χρήση χημικών σκευασμάτων κατά το στάδιο της άνθησης.